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自然系的恶魔果实可以让身体变成自然物质（或现象）、让物理攻击无效等等。自然系被公认为三种里最强的一种。虽然近乎无敌，不过只要找对方法，仍然能够击败能力者。
冒烟果实
能力者：白猎人 斯摩格
优点：可以变成烟雾，烟雾能实体化、困住敌人等等。
缺点：克火，威力效果较弱
火焰果实
能力者：火拳 波特卡斯·D·艾斯
优点：可以变成火，施放火炎网、火拳攻击等等
缺点：碰到水会熄灭，就无法抵挡物理攻击
沙砾果实
能力者：沙鳄鱼 克洛克达尔
优点：可以变成沙的能力，右手能吸干所接触人或物品的水份、产生沙暴、让岩石、土壤变成沙等等
缺点：碰到水会实体化（结块），就无法抵挡物理攻击
水涛果实
能力者：红心皇后
优点：可以让身体变成液态，能钻入任何细缝，产生大波浪
缺点：因水是导电体的缘故容易触电，也怕被密封到容器里
软糖果实
能力者：嘉斯帕德
优点：可以让身体变成像绿色软糖一样，使敌人的武器或拳头黏在体内，全身也能变成尖锐状物体
缺点：碰到小麦粉会实体化（结块），就无法抵挡物理攻击
轰雷果实
能力者：神 艾涅尔
优点：可以变成雷电，放电攻击，产生电能驱动机器，或借由放电作用产生高温
缺点：对绝缘体（如：橡皮人）没有效果
黑暗果实
能力者：黑胡子 马歇尔·D·汀奇
优点：拥有“异暗”的引力。当身体变化成“黑暗”时，可以将一切与“黑暗”接触的事物吸入，压缩，及粉碎。并且拥有隔空吸引能力者，以及凭接触使能力者（不论系种）暂时失去能力的能力（例如：打击的到自然系的能力者）
缺点：因为本身是“引力”的关系，此能力者“吸收”到的伤害比平常人还要多，受到的“痛苦”相对的也较多，也就是说无法借由本身性质的改变来躲避物理攻击。
闪光果实
能力者：海军本部大将 黄猿
优点：可以变成光，踢出光速般的重击，也拥有光速般的速度，手指可发出光线，若射入敌人眼睛将导致暂时性眼盲。
缺点：因为可以射出光线，碰到镜子及玻璃会折射。（例如：黄猿的八呎镜）
毒毒果实
能力者：深海监狱 狱长 毒龙-麦哲伦
优点：能将身体化为毒液 毒龙 接触者会感受地狱般的痛苦煎熬致死 暂时无敌
缺点：仅解毒药和治疗荷尔蒙有医治中毒者的效果 麦哲伦本人由于和毒汤以毒攻毒 经常腹泻=_=
岩浆果实
能力者：赤犬
优点：能够控制熔岩攻击敌人
